La nouvelle loi de finances pour 2026 apporte plusieurs évolutions pour toutes les entreprises. Elle durcit notamment les sanctions en cas de non-respect de la réforme de la facturation électronique. D’autres mesures également très importantes concernent les exploitations agricoles : la déduction pour épargne de précaution, crédits d’impôts, soutien aux éleveurs.

Mesures concernant toutes les entreprises dans la loi de finances 2026

Facture électronique

L’obligation de facturation électronique entre assujettis à la TVA et de transmission dématérialisée des données est mise en place progressivement à partir du 1er septembre 2026, selon le calendrier suivant :

1er septembre 2026 : réception de factures électroniques obligatoire pour tous les assujettis.
1er septembre 2027 : émission de factures électroniques obligatoire pour les PME et micro-entreprises.

La loi de finances durcit les sanctions :

Sanctions liées aux flux de factures
– Défaut de facture électronique : 50€ par facture (plafond : 15 000€ par an) ;
– Défaut de transmission des données : 500€ par omission (plafond : 15 000 € par an).

Sanctions liées à la non désignation d’une plateforme agréée
– 500€ d’amende forfaitaire pour absence de choix ;
– 1 000€ par trimestre de retard supplémentaire après mise en demeure.

Logiciel de caisse conforme

Les assujettis à la TVA qui enregistrent leurs ventes auprès de particuliers (sans obligation de facture), via un logiciel ou système de caisse, doivent utiliser un outil sécurisé et conforme. La loi de finances 2026 rétablit la possibilité pour les éditeurs de certifier la conformité de leur logiciel par une attestation individuelle.

Fonds de commerces et fonds agricoles

Avec pour objectif de faciliter la transmission des entreprises, en accordant un avantage fiscal au repreneur, la loi de finances 2026 proroge un dispositif provisoire jusqu’au 31/12/2029 : les entreprises ayant une activité BIC (à l’IR ou à l’IS) peuvent déduire fiscalement les amortissements constatés dans la comptabilité au titre des fonds commerciaux qu’elles ont acquis. Cette mesure est également applicable aux fonds agricoles. La création d’un fonds ne suffit pas, il doit s’agir d’une acquisition de fonds !

Mesures ciblées en faveur des exploitants agricoles

Le dispositif de Déduction pour Épargne de Précaution (DEP)

Il est prorogé de trois ans, jusqu’aux exercices clos au 31 décembre 2028. La possibilité d’exonérer 30 % des sommes antérieurement déduites est maintenue, lors de leur réintégration en cas de survenance de l’un des risques suivants :

Aléas indemnisés par l’assurance récolte ou par l’ISN, lorsqu’ils entraînent des pertes de récoltes ou de cultures ;
Maladie animale ou végétale, ou incident environnemental, lorsqu’ils entraînent des pertes économiques et remplissent les conditions pour ouvrir droit à une indemnisation par un fonds de mutualisation. La condition est remplie lorsque la maladie ou l’accident ouvre droit à une indemnisation dans le cadre d’un programme national ou européen (Etat français, Franceagrimer, etc.). Exemple : FCO de sérotype 8, uniquement indemnisée par France Agrimer.
Pertes résultant des calamités agricoles lorsqu’elles entraînent des pertes de moyens de production.
Un nouveau motif d’exonération fiscale de 30 % de la DEP est ajouté : l’aléa économique. Il est défini par une baisse de “valeur ajoutée” (ratio comptable) de l’exercice de 10 % (ou de 15 %) par rapport à une moyenne de valeur ajoutée de trois exercices précédant celui de l’aléa. Un contrat d’assurance multirisque climatique devra avoir été souscrit.

Exemple : La DEP et l’aléa économique
Une somme de 20 000 € avait été déduite du bénéfice agricole 2023, et se trouve en attente de fiscalité. En 2026, la valeur ajoutée de l’exercice est de 90 000 €, en baisse de 10% par rapport aux valeurs ajoutées de 2025, 2024, 2023 qui étaient respectivement de 80 000 €, 100 000 € et 120 000 €. La somme de 20 000 € de la Déduction pour Épargne de Précaution antérieurement déduite pourra être affectée à cet aléa économique 2026. Ainsi, la somme de 14 000 € sera réintégrée au bénéfice agricole 2026, et 6 000 € seront exonérés.

Deux mesures pour les éleveurs

Conscients des difficultés rencontrées dans le secteur de l’élevage, les parlementaires multiplient les dispositifs fiscaux le concernant.

Par exemple, dans le cadre de la récente épidémie de dermatose bovine, si les exploitants sont indemnisés, ces indemnités restent imposables. Afin d’éviter une hausse d’imposition du résultat et les cotisations sociales, la loi de finances instaure une exonération totale du profit généré par l’indemnisation perçue en cas d’abattage de troupeau. Le montant de l’indemnité devra être employé, dans un délai de deux ans à compter de la date de sa perception, à la reconstitution du cheptel.
Les éleveurs peuvent pratiquer une provision en cas d’augmentation de la valeur de leurs stocks de vaches laitières et de vaches allaitantes. Cette somme est déductible pour le calcul de l’impôt sur le revenu et pour le calcul des cotisations sociales. Ce mécanisme a pour objectif de ne pas être fiscalisé sur une valeur de stocks d’animaux, sans avoir encaissé la trésorerie correspondante. La provision est égale à la hausse des stocks et peut être déduite pour un montant par exercice qui ne peut excéder 15 000 €. La loi de finances prévoit la possibilité d’appliquer cette mesure de façon rétroactive aux exercices clos depuis 2024.

Crédits d’impôt

Dans le secteur de l’élevage, le crédit d’impôt remplacement de l’exploitant est prolongé jusqu’au 31/12/2027. Il couvre les absences pour congés, maladie, accident du travail ou formation professionnelle. Un nouveau motif est ajouté : l’absence de l’éleveur-maire (commune < 1 000 habitants) pour son mandat. Le crédit d’impôt s’élève à 50 % des dépenses de remplacement, plafonné à 12 jours par an (soit 1 071€ en 2026).

Le nouveau crédit d’impôt “Mécanisation collective” vise à favoriser la mutualisation des coûts de mécanisation agricole. Plafonné à 3 000 €, il est égal à 7,5% des dépenses engagées par les exploitants pour leurs frais d’utilisation de matériel et de fonctionnement auprès d’une CUMA (Coopérative d’Utilisation du Matériel Agricole), du 01/01/2026 au 31/12/2028. Contrairement au projet initial, ce crédit d’impôt ne sera pas financé par une perte d’avantages fiscaux sur l’exonération des plus-values agricoles, dont les seuils sont maintenus à 350 000 € et 450 000 €.

Enfin, deux crédits d’impôt qui devaient prendre fin ont été prorogés : Lecrédit d’impôt “Agriculture Biologique” jusqu’au 31/12/2028, et le crédit d’impôt HVE (Haute Valeur Environnementale) jusque fin 2026.

En conclusion, les mesures adoptées en faveur de l’agriculture confirment la volonté du Gouvernement de maintenir un budget « ambitieux » pour le secteur, avec un objectif marqué sur la sécurisation des exploitants face aux aléas et la modernisation de l’élevage.

Si vous avez besoin de précisions, vous pouvez contacter votre conseiller Accompagnement Stratégie ; n’hésitez pas à prendre contact avec l’antenne la plus proche.

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